Istituito nel 1990 presso il Collegio dei Gesuiti, accorpando le collezioni civiche già esistenti a Rimini (Raccolta Archeologica del 1844 e la Pinacoteca deel 1924), il Museo custodisce materiali provenienti da scavi archeologici, edifici demoliti, depositi e donazioni che documentano la storia di Rimini e del suo territorio. Primo nucleo delle civiche raccolte fu il Lapidario, sistemato nel 1981 nel cortile interno per cura di Giancarlo Susini e Angela Donati: sessantotto iscrizioni dal I secolo a.C. al IV d.C., oltre stele funerarie, basi onorarie e frammenti architettonici. La sezione archeologica si snoda a partire dai sotterranei e testimonia la storia di Rimini, dalle prime testimonianze di Homo Erecus, rinvenute sul colle di Covignano, fino alla fondazione romana di Ariminum, nel 268 a.C., proseguendo con testimonianze di epoca imperiale. Alla variegata e bellissima serie dei mosaici, fra i quali "delle barche", dalla domus di Palazzo Diotallevi, e "di Anubi", si aggiungono un quadro in pasta vitrea policroma e un corredo chirurgico, scoperti entrambi nella vicina domus del Chirurgo che, recentemente musealizzata, costituisce il naturale proseguimento del Museo all'esterno. La sezione storico-artistica, con circa cinquecento opere esposte, rappresenta il cammino artistico riminese dal XIV al XIX secolo.